L'agenzia, pur essendo un ente strumentale della Regione Marche, è un ente pubblico economico la cui personalità giuridica, disciplinata dal diritto privato, rende incompatibile l'esercizio di funzioni proprie della pubblica amministrazione. La proposta di legge, nella parte relativa al Servizio Fitosanitario, è in contrasto con la disciplina statale e dell'Unione oltre che con l'orientamento di altre Regioni, alcune delle quali hanno recentemente legiferato in materia, sempre riconducendo alle strutture regionali le funzioni del Servizio Fitosanitario.